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益生菌药品是一种具有医疗功能的药品，是由益生菌发酵和提取而成。它适用于治疗消化系统疾病和免疫系统疾病，必须通过专业医生的处方购买。

而益生菌保健品是一种保健产品，是由益生菌及其代谢产物组成的，主要用于改善肠道菌群、增强免疫力、促进营养吸收等。它可以在保健品专柜或者健康食品店购买，无需医生处方。

因此，益生菌药品和保健品的使用目的不同，药品具有医疗功能，必须根据医生的建议使用；而保健品主要用于补充营养，改善肠道菌群，改善健康状况。

益生菌药品和保健品的主要区别在于其功效和适应症。益生菌药品是经过专业的医学研究和审批，具有临床治疗效果的药品。其主要作用是调节肠道菌群平衡，治疗肠道炎症、腹泻等疾病。益生菌药品需要在医生的建议下使用，遵照医生的处方用量服用。

而保健品则是为了改善身体健康而设计的，往往是添加了多种益生菌菌株的营养品，其主要目的是增强人体免疫力、促进肠道健康和消化功能。保健品可以在医生建议下使用，也可自主选择适量食用。

此外，益生菌药品一般具有明确的适应症和使用方法，需要在医生的指导下使用；而保健品通常不具备这些特点，常常以营养保健为主打。最后，需要提醒的是，无论是益生菌药品还是保健品，都需要遵守相关规定，合理使用。